Согласно разъяснениям Верховного Суда РФ в Постановлении Пленума от 27.06.2017 №22, денежные средства, внесенные на основании платежного документа, содержащего указание на расчетный период, засчитываются в счет оплаты жилого помещения и коммунальных услуг за период, указанный в этом платежном документе.
Если платежный документ не содержит данных о расчетном периоде, денежные средства, внесенные на основании данного платежного документа, засчитываются в счет оплаты жилого помещения и коммунальных услуг за период, указанный гражданином (статья 319.1 ГК РФ).В случае когда наниматель (собственник) не указал, в счет какого расчетного периода им осуществлено исполнение, исполненное засчитывается за периоды, по которым срок исковой давности не истек (часть 1 статьи 7 ЖК РФ и пункт 3 статьи 199, пункт 3 статьи 319.1 ГК РФ).

Если будет подан иск в суд и приведенная позиция Верховного суда не будет учтена, нужно будет заявить в суде о применении срока давности ну и представить свой расчет. А при новых платежах рекомендую оплачивать с указанием периода платежа и если средства также направляются на погашение долга, то период погашения именно этого долга.